Dans Novus, vous devez choisir votre Allégeance, c'est-à-dire l'organisme pour lequel votre personnage travaille. En principe, la Fondation VEVEY (qui réunit les Instituts de Paris, Kyoto et New York) s'oppose aux Illuminatis, mais la rumeur semble indiquer que des dissensions interviennent parfois, et de plus en plus, entre les 3 Instituts de la Fondation VEVEY.

Il est également très important de relever que Novus est un univers non manichéen. Chaque Allégeance a ses parts de lumières et ses parts de sombre. Il n'y a pas de "bons" et de "mauvais", seulement deux organisations aux motivations et aux méthodes différentes.

Le choix de votre Allégeance vous donnera accès à des forums privés et invisibles aux yeux des autres factions (à moins que vous ne soyez mis sous écoute...). Chaque Allégeance dispose en effet de ses propres locaux de Roleplay.